El PRUG aborda también la zonificación, clasificación y categorización del suelo, con objeto de delimitar zonas con diferentes usos y destinos. Algunas de ellas se destinarán al emplazamiento de instalaciones, actividades y servicios, como el Faro de Alegranza, que se convertirá en una estación biológica que sirva de base para la gestión, vigilancia e investigación de la isla.
Por otra parte, se determinan tres ámbitos en la Cueva de La Paloma, la Baja del Ganado y el Salado, en la isla de La Graciosa, que serán destinados a la extracción de recursos geológicos y la transformación de piedra. En ellos sólo se permite la extracción depicón y de jable para el abastecimiento exclusivo de la isla por razones ambientales y paisajísticas.
El documento también establece directrices para formular programas de conservación, como mecanismos de control estadístico de las capturas pesqueras y marisqueras, y normas para la restauración de la cubierta vegetal y el control de la erosión. Por otra parte, incluye acciones referidas al cierre y restauración de los vertederos como el establecimiento en Llano de La Mareta de una zona de clasificación y separación de residuos para su posterior traslado al lugar que corresponda o el traslado de residuos no degradables al Complejo Medioambiental de Zonzamas por un gestor autorizado por la Consejería de Medio Ambiente y Ordenación Territorial.
Además, se proyecta la construcción de instalaciones para el almacenamiento temporal, así como contenedores herméticos para los residuos antes de su traslado a Zonzamas. El Punto Limpio de Caleta de Sebo se pondrá en marcha y se prevé una campaña de sensibilización entre la población residente y los visitantes relativa a la recogida selectiva y gestión de residuos son también algunas de las medidas contempladas en el mencionado documento.
Por último, se pondrá en marcha un Área de Gestión Integrada para la protección y gestión administrativa del Parque Natural, dada la complejidad y administrativa actuará en sustitución del Cabildo de Lanzarote, y se incorporarán a la misma, además del propio Cabildo insular, los ayuntamientos de Teguise y Haría, el Gobierno de Canarias y la Administración General del Estado, titular de la práctica totalidad de la isla de la Graciosa.