Al parecer y según relata el documento firmado por Moisés Plasencia, director general de Patrimonio Cultural de Canarias, el pasado día 27 de julio de 2006, la Comisión de Secretarios Generales Técnicos examinó el expediente del BIC del Castillo de San José y decidió retirarlo del orden del día del Consejo de Gobierno por la falta de acreditación por parte del Cabildo de Lanzarote de la propiedad de los terrenos a proteger. Además advierten desde Patrimonio Cultural, que tampoco consta que la Primera Institución insular haya notificado a la Dirección General de Costas de la tramitación del expediente.
El motivo que alega el Gobierno de Canarias en el documento remitido al Cabildo, para justificar la paralización del expediente, viene a coincidir con el que en un principio se barajaba. La presidenta del Cabildo, Inés Rojas, explicó unos días después de que se rechazara el expediente, que la causa fue la apertura antes de tiempo por parte de la Primera Institución de ese expediente, para renovar el BIC, que había caducado en 2001. Una vez que caduca, la Ley estipula que debe iniciarse la renovación a los tres años, aunque puede iniciarse antes, si el bien a declarar es propiedad del que reclama esa renovación. En este caso el Castillo de San José es del Cabildo, pero parte del entorno a proteger pertenece a Puertos del Estado. Este fue el motivo que explicó la presidenta, después de que, de manera no oficial, se lo comunicara el consejero de Educación y Cultura del Gobierno de Canarias.
Al respecto, cabe también recordar que la propia Inés Rojas remitió un escrito al Gobierno de Canarias el mismo día en que se iba a tratar el expediente de BIC del Castillo, solicitando que se quedara sobre la mesa para poder estudiar las alegaciones que acababa de recibir de la Autoridad Portuaria, y que en realidad eran las mismas que ya habían sido rechazadas por el Cabildo. Pero aunque esa carta enviada por la presidenta despertó una gran polémica este verano, Rojas aseguró que el motivo de la paralización no había sido su solicitud, sino problemas en el propio expediente.
Aunque esta respuesta oficial remitida por el Gobierno de Canarias está firmada con fecha de 21 de septiembre y enviada al día siguiente, no se ha hecho pública hasta este martes, día en que el Cabildo de Lanzarote se ha pronunciado al respecto. Los Servicios Jurídicos de la primera Corporación estudian en la actualidad las medidas que tomarán para proteger la zona delimitada, que ya fue dictaminada favorablemente el pasado 17 de febrero de 2004 por la Comisión Insular de Patrimonio del Cabildo. Según ha declarado el consejero de Política Territorial, Medio Ambiente y Patrimonio Histórico, Carlos Espino, "proteger el entorno es obligación recogida por la Ley de Patrimonio Histórico de Canarias, que dispone, en su artículo 26 que todo BIC es inseparable de su entorno".
El BIC del Castillo de San José se aprobó en 1949 junto a todos los castillos y fortalezas del Estado español. El expediente de delimitación, obligado por la Ley de Patrimonio de Canarias, se incoó en 2003. Según la mencionada Ley, todo monumento emblemático debe preservarse siempre en la visualización, contemplación y apreciación de sus valores y esta obligación corresponde al Cabildo de Lanzarote, propietario del Castillo y al Gobierno de Canarias.
